ההשתלטות בוצעה על ספינה המכונה "ויקטוריה", שהניפה דגל ליבריה ונשאה על סיפונה מכולות המכילות אמצעי לחימה מסוגים שונים. היא עשתה דרכה לנמל אלכסנדריה שבמצרים לאחר שיצאה מנמל מרסין שבטורקיה. עם זאת בצה"ל הדגישו כי ככל הידוע להם, לטורקיה אין קשר לאירוע. בצה"ל ציינו כי תחילת מסלולה של הספינה היה בסוריה ולאחר מכן היא הפליגה לטורקיה ומשם יצאה לכיוון אלכסנדריה.

בצה"ל מסרו כי פעולת ההשתלטות, שבוצעה במרחק של 200 מייל מערבה לחופי ישראל, הייתה מהירה ואושרה על ידי הדרג המדיני לאור המלצת הרמטכ"ל, רב-אלוף בני גנץ. ההחלטה התקבלה כשבשעות הבוקר עדכן הרמטכ"ל את שר הביטחון, אהוד ברק, על הממצאים שנמצאו על גבי האוניה. הפעולה, כאמור, אושרה לאחר שעל פי ההערכות אמצעי הלחימה שעליה היו מיועדים לארגוני הטרור ברצועה. מפקד חיל הים, האלוף אליעזר (צ'ייני) מרום פיקד על הפעולה ועל ההשתלטות עצמה פיקד מפקד שייטת 13.