הוא נולד בירושלים לאב אשכנזי ולאם ספרדייה, בעודו ילד קטן נתייתם מאביו, ואמו נסעה עמו למצרים לבית דודו רבי מרדכי פרנסיס שהיה עשיר מופלג.

דודו חיבבו מאוד ונתן לו את בתו לאשה. במצרים למד תורת הנגלה מפי רבי בצלאל אשכנזי, בעל השיטה מקובצת, ובעיקר למד סתרי תורה (על פי המסורת למד גם מפיו של אליהו הנביא).

למד גם אצל רבי דוד בן זמרא נגלה ונסתר. יש מהחוקרים האומרים שכתב יחד עם הרב בצלאל אשכנזי את פירוש "שיטה מקובצת" על מסכת מנחות, אך הפירוש אבד עוד כשהיה בכתב יד.

לפי מסורות שמסרו תלמידיו, עד גיל 36 חי בבית דודו רבי מרדכי פרנסיס שהיה ממונה על המכס במצרים והיה סמוך על שולחנו, שם הקדיש את עיתותיו להגייה ליד הנילוס בספר הזוהר, עד נגלה אליו שוב אליהו הנביא והורה לו לעלות לארץ ישראל, לחיות בצפת וללמד את הרב חיים ויטל את כל אשר הוא יודע כי לשם כך הגיע לעולם וזה כל יעודו בחייו. מצד שני בגניזה בקאהיר נמצאו תעודות מהן עולה כי האר"י התפרנס ממסחר בתבלינים.

הרבי לא חשש מלהתעסק בטראומה הנפשית של הפזורה היהודית של אותם ימים שנקראה גירוש ספרד צרה זו שניחתה על עולמו של היהודי יצרה שאלות ותהיות קיומיות. לגבי החיים בגולה הרבי שרצה לחזק את רוח תלמידיו צידד בדימוי ה "אור" ששבוי בקליפות הטומאה כשם שישראל מצויה בגולה בן האומות(גויים),ובבא המשיח יבוא גם התיקון, ובני ישראל יאספו למולדתם הוותיקה והעולם כולו ייגאל.

כך או כך, האר"י הגיע לצפת בשנת 1570 (שנת ה'ש"ל) ובמשך שנתיים חי שם עד שבתאריך ה' באב ה'של"ב (שנת 1572) הוא נפטר והוא בן 38.

באחת ההקדמות בספר עץ החיים מתאר הרב חיים ויטאל את האר"י כך:

לא היה מי שישיג חכמה זו על אמתתה כמוהו כי היה יודע במשנה ותלמוד ואגדות ומדרשות ע"כ דבר ודבר כמה פנים בפרד"ס ומעשה בראשית ומעשה מרכבה בשיחות עופות ובשיחות דקלים ואילנות ועשבים בסוד כי אבן מקיר תזעק ושלהובי פחמים ובשיחת מלאכים והיה מדבר ברוחות מהגלגולים רוח טוב ורוח רע והיה מכיר בריח הבגדים כמו אותו ינוקא דפ' דברים ובעופו' אלמים ומביא נשמת אדם בעודו חי ומדבר עמו כל צורכו וחפצו ואחר כך מסירהו והיה רואה נשמות בעת צאתם מהגוף ובבתי הקברות ובעלותן בכל ערב שבת לגן עדן והיה מדבר עם נשמת הצדיקים שהם בעולם הבא והיו מגלין לו רזי תורה וגם היה יודע חכמת הפרצוף ושרטוטי הידיים ופתרון חלומות על אמיתתם ובגלגולים ישנים וגם חדשים והיה מכיר במצח אדם מה מחשב ומה שחלם ומה פסוק קרא בעליית נשמתו לגן עדן בלילה והיה מלמד פירוש שורש נשמתו והיה קוראו במצחו זכיות ועבירות שחישב והיה נותן לכל א' ואחד תיקון כפי הבחירה המיוחדת או לשורש נשמתו האחוזה בשורש של אדה"ר והיה יודע כמה טעיות נפלו בספרים והיה יודע להכות בסנורים והיה יודע כל מה ששנו החברים והיה מלא חסידות ודרך ארץ וענוה ויראת ה' ואהבת ה' ויראת חטאו וכל מדות טובות ומע"ט היה בו וכל זה היה יודע בכל עת ובכל שעה ורגע וכל החכמות האלו תמיד היו מונחים בחיקו ועיני ראו ולא זר וכל זה השיג מרוב חסידותו ופרישותו אחר התעסקו ימים רבים בספרים ישנים גם חדשים בחכמה זו ועליהן הוסיף חסידות ופרישות וטהרה וקדושה וזהו הביאו לידי רוח הקודש והיה אליהו ז"ל נגלה לו תמיד.
ולפי דעת המקובלים, חזר בגלגול בדמותו של ר' שלום שרעבי 

האר"י בצפת
צפת באמצעה של המאה הט"ז הייתה מרכז גדול לתורת הנגלה ולתורת הנסתר. ואם בנגלה הייתה יכולה להתחרות עמה פולין, שהיו בה אז המהרש"ל והרמ"א, המהרש"א והמהר"ם מלובלין, הרי בתורת הנסתר שימשה צפת כמרכז, שממנו ינקו הגלויות כולן.

כמה טעמים גרמו לכך, שהעיר, שלא היה לה כמעט עבר ושם בתולדותינו, נעשתה מטרופולין של ישראל. סיבות כלכליות ומדיניות גרמו לשגשוגה של צפת ולהעדפתה על ירושלים. קרבתה של צפת למירון, מקום קברו של רשב"י, שנתייחס לו כאמור חיבור ספר הזוהר, שימשה אף היא גורם חשוב להתרכזותו של היישוב היהודי בה. ברם כמניע העיקרי לגידולו של הישוב בצפת יש למנות לדעתי את האמונה שהייתה שלטת אז בלבבות, שהנה ימות המשיח ממשמשים ובאים - ולפי המדרשים ולפי הזוהר, הרי המשיח עתיד להתגלות תחילה בגליל.

לפיכך נתקבצו לצפת גדולי הדור מכאן ופשוטי עם ואנוסים מכאן. ואף גדולי התורה, שלא היו מקובלים, הייתה להם זיקה לתורת הסוד.

באותם ימים שהאר"י עלה ממצרים כבר עמדו בראש חבורת המקובלים בצפת ר' שלמה אלקבץ בעל הפיוט "לכה דודי", וגיסו ר' משה קורדובירו בעל "פרדס רימונים" ובעל "אור יקר" על הזוהר ומחברם של ספרים חשובים אחרים בקבלה.

קורדובירו, שהיה תחילה תלמידו של אלקבץ, ולבסוף היה כוחו יפה מכוחו של רבו, והוא שימש בשעתו רבן של כל המקובלים. ואלמלא בא האר"י לצפת, ייתכן שכל תקופת הקבלה בצפת הייתה נקשרת בשמו של קורדובירו בלבד. קורדובירו כבר השלים בשנת ש"ל את כל חיבוריו הגדולים והוא נפטר בה בשנה, בכ"ג בתמוז. אף על פי שקורדובירו נסתלק לעולמו פחות משנה מזמן בואו של האר"י לצפת, הרי לפי המסורת שימש לו מעין תלמיד-חבר במשך הזמן הקצר, ששהו שניהם כאחד בצפת. אבל יש להניח, שמשנתו של האר"י בחכמת הקבלה לא הייתה שונה בהרבה, או מושפעת יותר מקורדובירו, אלמלי האריך הלה ימים יותר או אלמלי הקדים האר"י לעלות לצפת.

כפי שמספרת האגדה, מסר קורדובירו עצמו לתלמידיו, סמוך לפטירתו:
"דעו לכם, שאיש אחד היושב פה יקום אחרי ויאיר עיני הדור בחכמות הקבלה... שבימי היו הצינורות סתומים... ובימיו יתגלו הצינורות... ודעו שהוא אדם גדול, ניצוץ הרשב"י זלה"ה".
אם נתרגם אגדה זו (שרק תחילתה הבאנו כאן) ללשון אחרת נמצא, שהיא באה ללמדנו, שקורדובירו עצמו הועיד את האר"י להיות ממלא מקומו ויורשו וציווה על כך לתלמידיו. רשאים אנו להניח, שכמעט כל תלמידיו של קורדובירו ושאר חכמי צפת כפפו את קומתם לפני שיעור קומתו של האר"י, אם מיד אם לאחר מכן.

מה גדול היה אותו אדם, אם תוך זמן קצר של שנתיים ומחצה לערך הצליח להשפיע השפעה כזאת ולחולל מהפכה כזאת במחשבה המקובלת.
והרשות בידינו רק לשער, מה היה קורה אלמלי היה האר"י מאריך ימים יותר וזורע את ברכתו לשנים רבות. יש להניח, שאז לא הייתה תורתו יכולה להישאר רק בחוגים מצומצמים בלבד, וממילא הייתה מתפשטת יותר כבר בשנים הסמוכות למותו לא רק בדור שלאחר זה.

האר"י נסתלק בה' מנחם אב של"ב, לאחר שנפל למשכב ימים אחדים לפני כן במגפה שפרצה בצפת. בן ל"ח שנה בלבד היה במותו. ומקום קבורתו ליד קברו של ר' משה קורדובירו.

לפני פטירתו הזהיר את "החברים" -
"שלא לקרוא בזאת החכמה, לפי שעדיין לא היו שלמים בה וחס ושלום יבואו לידי קיצוץ. ואם יהיה זכות בדור, שהוא יבוא וילמדם... בחלום או בהקיץ או באיזה אופן שיהיה".

בשעת פטירתו נמצא לידו תלמידו ר' יצחק כהן, ואמר לו האר"י:
"שאם היה זכות בדור באותה שנה הייתה שנת גאולה וקץ אמיתי, שמימי הרשב"י לא היה כמוהו.

ואז אמר הרב: ותוסף עוד ותלד בן ותקרא את שמו שלה והיה בכזיב בלדתה אותו. אחר כך אמר לו: 'צא מהר שאתה כהן, ולא נשאר לפטירתי כלום'. ובצאת הר"י כהן יצאה נפשו בנשיקה".

תורת הגאולה בקבלת האר"י
פסוק זה שהבאנו מספר בראשית פרק לח יש לקשרו עם האמונה, שהייתה שלטת אז בלבבות, בעיקר באיטליה, שהמשיח עתיד להתגלות בשנת של"ה. ייתכן, שגם האר"י האמין עוד בשבתו במצרים, ששנת של"ה היא שנת הגאולה. ואמונה זאת היא שמשכה ושזירזה אותו לעלות לצפת כמה שנים לפני כן.

הרי לפני הקץ יהיו כמה שנים של חבלי משיח. ואין חבלי משיח אלא הקשיים הכרוכים בזמן בירור הניצוצות האחרונים, שאז יתגברו החיצונים והקליפות. ואין לך מי שמסוגל לגאולת הניצוצות מעמקי הקליפות כצדיקים וחסידים. והרי לא הייתה אותה שעה עדה של צדיקים וחסידים כמו בצפת.

תורת הגלות והגאולה בקבלת האר"י אין להפרידה ממשנתו בעניין צמצום, שבירה ותיקון. בשעה שביקש הקב"ה לברוא את העולם צמצם כביכול את עצמו בעצמו, כדי שיהא מקום פנוי ממנו וחלל ריק, והעולם יוכל להיברא ולהתגלות. אלא שהאור האלוקי, שנתעלם ונסתתר, ביקש להתכנס לתוך כלים, שהם הספירות, אלא שהכלים לא יכלו להכיל את שפע האור האלוקי ונשברו, והאורות נתפזרו לכל צד ולכל עבר.

האור האלוקי ברובו חזר למקורו העליון, ואילו שברי כלים עם ניצוצות מן האור האלוקי נפלו לתוך עמקי הקליפות ונתערבו טוב ברע - כל הבריאה כולה אינה במקומה הנכון, כלומר בגלות. ואף האלוקות עצמה, כביכול, בגלות. הגלות אינה דבר חיצוני ופיסי בלבד. הגלות היא גלות קוסמית של כלל ההוויה ושל כל היקום, כולל הצומח והדומם, ואף של השכינה כביכול - שכינתא בגלותא. ואין גלותם של ישראל בעולם השפל אלא מעין סמל ודוגמא לגלותה של השכינה בעולם העליון. וכנגדה גם הגאולה תהא גאולה קוסמית של כל העולמות ואף של השכינה כביכול. והאפשרות נתונה להחיש את הגאולה ולקרב את הקץ על ידי התיקון הפגמים שבעולמות.

והתיקון כיצד? על ידי ליקוט ניצוצות האור האלוקי שנפלו לתוך עמקי הקליפות ועל ידי בירור הנשמות הקדושות, שמאז חטאו של אדם הראשון נלכדו ברשת הקליפות. והדרכים לתיקון כיצד? על ידי תפילות בכוונות ובייחודים, תשובה וצומות וסיגופים, לימוד הזוהר, השתטחות על קברי צדיקים, מעשי צדקה וחסד וכדומה. רק לאחר השלמת כל התיקונים ובירור כל הניצוצות של כל הנשמות יוכל לבוא משיח בן דוד. וזהו פירוש מאמרם ז"ל "אין בן דוד בא עד שיכלו כל הנשמות שבגוף" (יבמות סב, א).

הנהגות החסידות של האר"י
מקום לעצמו יש לייחס להנהגות החסידות, שיצאו מבית מדרשו של האר"י. הן נתקבלו על ידי חלק גדול מישראל, שמצא בהן כוונות נסתרות ונהג כמותן הלכה למעשה. בדברים שלהלן נעמוד קצרה על הנהגותיו בשבת ובימים הנוראים.

אם כל ימות השבוע אינם אלא הכנה לשבת, על אחת כמה וכמה ערב שבת קודש. לפיכך היה האר"י עושה אותו יום הכנות מיוחדות לקבלת שבת מלכתא. בערב שבת, לאחר תפילת שחרית, היה קורא את פרשת השבוע והיה אומר, שזה פירוש הכתוב: "והיה ביום השישי והכינו את אשר יביאו" (שמות טז, ה).

רק אם לא היה יכול לקרוא את הפרשה בערב שבת מחמת כל מיני אונסין, היה קורא אותה בשבת אחר התפילה, לפני הקידוש. היה אומר, שבקריאת הפרשה אחד מקרא ושנים תרגום נפרדת הקליפה מן הקדושה. רק לאחר קריאת הפרשה היה טובל לכבוד שבת, כי רק אז מסוגלת הנשמה לקבל את התוספת של שבת. לא היה טובל אלא בד' שעות של יום ו' ולא קודם לזה.

והיה אומר, כי תוספת השבת ניכרת במצחו של הטובל מיד לאחר הטבילה, אך עיקר רישומה של שבת במצח האדם לא ניכר אלא אחר חצות היום. כשעלה מן הטבילה בערב שבת לא היה מסתפג באלונטית, שמים המטהרים לכבוד שבת מוטב שיספוג אותם הגוף כולו. לאחר מכן היה קוצץ את ציפורני ידיו ורגליו, ולא היה מקפיד על סדר קציצתן.

והיה אומר, שאם בימות החול הציפורניים מאירות מצד הקליפה שבהן, הרי בערב שבת הן מאירות מצד הקדושה שבהן. היה נוהג להסתפר ולגלח שער ראשו בערב שבת לפני חצות היום, אבל לא היה נוגע בשער זקנו.

לכבוד שבת היה לובש ארבע בגדי לבן כנגד ד' אותיות שם הוי"ה. רק בשבתות של חורף היה לובש עוד מלבוש מפני הצינה. והיה אומר, כי המלבושים של האדם בשבת בעולם הנשמות, גוונם כגוון המלבושים שלבש בשבת בעולם הזה.

פעם אחת ראה בשבת אדם מת לבוש שחורים ואמר לו, שכך היה לובש בשבת בעולם הזה ולפיכך נענש באותה מידה. אף היה מתריע כנגד הללו שבאים לבית הכנסת "בבגדיהם של חול ובפרט האבלים, שאינם לובשים ומחליפים בגדיהם ח"ו ומראים שאין להם מנוחה לנפשות יום שבת".

לקבלת שבת היה יוצא לעיתים קרובות עם תלמידיו לשדות ולהרים
"ויצא השדה כדי לקבל השבת ויאמר לכה דודי נצא השדה. והכוונה לרמז לשכינה, אשר היא שדה חקל תפוחין".
שם היה מזמר ברוב התלהבות את הפיוט לכה דודי, שחיבר ר' שלמה אלקבץ. בשובו לביתו היה נושק ידי אמו ואחר כך היה עורך את סעודת השבת על שולחן של ארבע רגלים, דוגמת השולחן שבמקדש. על השולחן היה מניח יב לחם, ו' מצד ימין, ו' מצד שמאל. בשעת הסעודה היה שר ומזמר זמירות שונות, ביניהן את הפזמון שחיבר בעצמו "אזמר בשבחין למיעל גו פתחין" וכו'.

כשסיים את ברכת המזון היה נוהג להניח את השולחן במקומו כשהמפה פרוסה עליו ולא היה מסלק את הכוס של ברכת המזון, שהשאיר בו קצת יין כדי להותיר ברכה מליל שבת. כן היה משייר קצת פרורים על השולחן, אבל לא לחם שלם.

בשבת בשחרית היה טובל במקווה, שהיה אומר, שכמו שיש הפרש בין קדושת שבת לחול ולפיכך צריך טבילה בערב שבת, כך יש הפרש בין קדושת ליל שבת לקדושת יום שבת, שהיא קדושה חמורה. אחר כך היה מוליך עמו את טליתו ואת סידורו מביתו לבית הכנסת והיה מתפלל מתוך הסידור, כדי שיכוון כוונות גדולות. בשעת התפילה היה מרים מעט קולו והיה מתפלל בנעימה מפני כבוד השבת, שלא כמנהגו בשאר ימות השבוע. בעת פתיחת ארון הקודש, כשהיו מוציאים את ספר התורה מן ההיכל, היה נוהג לומר "בריך שמיה דמארי עלמא".

בשובו לביתו היה מקדש על היין והיה עורך את סעודת השבת דוגמת הסעודה של ליל שבת והיה מזמר את פזמונו "אסדר לסעודתא בצפרא דשבתא". לאחר הסעודה היה נוהג לישון שתיים שלוש שעות, והיה אומר, כי השינה בשבת מכלל עונג שבת היא. בשבת היה מדבר רק בלשון הקודש והיה נזהר שלא לדבר דברי חול בשבת אפילו בלשון הקודש. היה אומר, שטוב להרבות בלימוד הקבלה בשב כי הקבלה היא מעולם האצילות, שמשפיע בשבת, מכיוון שעולם האצילות אין בו קליפין כלל. לאחר תפילת המנחה היה עורך סעודה שלישית והיה מזמר את פזמונו "בני היכלא דכסיפין". היה מאריך בסעודה זו כדי להמשיך על עצמו קדושת השבת לפני הסתלקותה של הנשמה היתירה.

"ודע שבימות החול כאשר עשה מצווה רבה או שלמד תורה הרבה יש לו תוספת אורה, וכמו שאומר הרשב"י ז"ל, שיום החול של הצדיק הוא כשבת של עם הארץ. ובשבת כשבא נפש יתירה מתחבר עם זה התוספת של חול שקנה במצוות ובתורה. ושבת ר"ת ביומו תיתן שכרו, כי בשבת הם נותנין לאדם שכר המצוות ותלמוד תורה אשר למד בחול והארה גדולה בנשמתו... ובמוצאי שבת כאשר הולכת הנפש היתירה גם כן הולך התוספת ההוא".

במוצאי שבת היה נוהג להבדיל בבית הכנסת, והיה אומר, שמנהג טוב הוא. היה נותן מעות לגבאי בית הכנסת לקנות בהן יין והיה מבדיל שם על נר של שעווה. בשעת ההבדלה היה מריח מאגודה של הדסים, שהיו בה שלושה בדים קשורים בקשר אחד, ששלושת בדי ההדס הם בסוד נר"ן (ר"ת נפש, רוח, נשמה).

והיה אומר שכל יהודי בהריחו במוצאי שבת את הבשמים יכול לידע באיזה מקום מגופו יושבת נפשו. אם הריח בא לו מיד סימן שהנפש קרובה לחוטמו, ואם הריח בא לו רק לאחר זמן, סימן שהנפש רחוקה מחוטמו, כי לפעמים יורדת נפשו למטה מרגליו. לאחר ההבדלה היה נוהג לומר "ויתן לך" וכו'. בשובו מבית הכנסת לביתו היה מקיים סעודת מלווה מלכה, והיה מאריך בה הרבה בשמחה רבה ובהתלהבות גדולה.

והיה אומר, שהנשמה היתירה אינה מסתלקת מן האדם היהודי עד לאחר סעודה מלווה מלכה. ולפיכך אין ראוי לעסוק במלאכה שאינה צורך אוכל נפש עד לאחר סעודה זו, היא סעודתא דדוד מלכא משיחא.

האריז"ל נוהג היה לומר סליחות באשמורת הבוקר כל ימי חודש אלול עד יום הכיפורים, כמנהג הספרדים, והיה אומר עם הציבור מילה במילה. היה דורש את הכתוב: "ובכתה את אביה ואת אמה ירח ימים" (דברים כא, יג) - את אביה- זה הקב"ה, את אמה - זו כנסת ישראל, ירח ימים - זה חודש אלול, שמסוגל לתשובה. כן דרש את הכתוב: "ואשר לא צדה והאלוקים אנה לידו ושמתי לך" וכו' (שמות כא, יג) - אנה לידו ושמתי לך הוא ר"ת אלול, לרמוז כי חודש זה נתנו השם יתברך לכפרה לכל מי שחטא ועבר עבירה במשך השנה.

היה בוכה בראש השנה וביום הכיפורים, והיה אומר, כי מי שאינו בוכה בימים הללו סימן שאין נשמתו טובה ושלמה, שהנפש מרגשת, שאותה שעה דנים אותה בבית דין של מעלה והבכייה באה מאליה.

לא היה מרבה באמירת פיוטים ופזמונים של האחרונים אפילו בימים הנוראים, משום שלא נסדרו על דרך הסוד. אבל היה אומר את התפילות והפיוטים המיוחסים לר' עקיבא ולר' ישמעאל, ר' אלעזר בן ערך ור' נחוניה בן הקנה, וכן פיוטיו של ר' אלעזר הקליר, מכיוון שנתקנו על דרך האמת.

כשהיה מתפלל תפילת "אבינו מלכנו" בראש השנה ובשבת תשובה היה דולג על הפסוקים שנזכרים בהם חטאים ועוונות, כגון: "אבינו מלכנו חטאנו לפניך", "אבינו מלכנו סלח ומחל לכל עוונותינו". היה נוהג להתוודות בלחש שלא ישמעו דבריו, ורק בשעת תקיעת שופר דמיושב, שאז מתערבב השטן ואינו משגיח לקטרג ודברי הווידוי עולים למעלה ומתחברים עם קול השופר העולה למעלה למעלה.

היה אומר, שטוב לקרוא בליל ראש השנה בגמר הסעודה קודם ברכת המזון ד' פרקי המשנה של מסכת ראש השנה, המכוונים כנגד ד' אותיות שם הוי"ה. היה אומר, שאין לישון בראש השנה עד חצי היום, אבל מכאן ואילך מותר. אף הוא היה נוהג לישון לאחר חצי היום. והיה מסביר, משום מה אנו עושים ב' ימים ראש השנה: היום הראשון הוא בסוד הנשמות והיום השני הוא בסוד העולמות ולפיכך עושים עכשיו שני ימים ראש השנה גם בארץ ישראל.

בעשרת ימי תשובה היה אומר בסוף תפילת העמידה: "עושה השלום במרומיו" בה"א הידיעה, כי השלום בגימטרייא ספרי"אל, המלאך הסופר וכותב בספר החיים את כל בני האדם בעשרת ימי תשובה. ה

יה מסביר את כוונת התפילה "מי כמוך אב הרחמים", הנאמרת בעשרת ימי תשובה, שראש השנה הוא יום הדין של הנשמה לחזור לעולם הגלגול, ולכן נזכרת בברכה זו תחיית המתים וזה פירוש "זוכר יצוריו לחיים ברחמים", שהם הנשמות הנקראות יצורים.

"ולזה לא אמרו זוכר אותנו כמ"ש זכרנו לחיים, רק זוכר יצוריו סתם וזה סוד ג"כ ופוקד כל יצורי קדם מי לא נפקד כהיום הזה, והנה ע"י גלגול נשמות אלו אנו מאמינים, כי כן יהיה לעתיד עניין תחיית המתים, ולזה אנו סומכים זוכר יצוריו לחיים ברחמים, לנאמן אתה להחיות מתים".

היה אומר, שאם יתענה האדם ויעשה תשובה בשבעה ימי תשובה שבין ראש השנה ליום הכיפורים יתכפרו לו כל העוונות והחטאים שחטא כל ימיו ביום שכיוצא בו. למשל, אם חל יום ראשון שלאחר ראש השנה ביום ב' ונתענה ועשה בו תשובה, יתכפרו לו כל העוונות והחטאים, שחטא כל ימיו ביום ב' בשבוע.

האר"י נזהר מאוד במנהג של כפרות. היה לוקח תרנגול לבן לכל אחד מבני ביתו הזכרים ותרנגולת לבנה לכל אחת מבנות ביתו הנקבות. ואם הייתה אישה מעוברת בביתו היה לוקח שתי תרנגולות ותרנגול אחד, אחת בשביל האישה ושניים בשביל העובר מספק, שמא יהא זכר, שמא יהא נקבה.

היה מקפיד לשחוט את הכפרות בערב יום הכיפורים באשמורת הבוקר לאחר אמירת הסליחות. בערב יום הכיפורים לפני תפילת המנחה קיבל על עצמו עונש מלקות, אף על פי שבדרך כלל לא היה מקפיד בעניין המלקות אלא צער בלבד. וכשהיה לוקה היו מלקין אותו ד' מלקיות כנגד ד' אותיות שם הוי"ה. אחר המלקות היה טובל במקווה. היה נוהג להתעטף בטלית בליל יום הכיפורים לפני שקיעת החמה ומברך עליו להתעטף בציצית. היה נעור כל הלילה ועוסק בתורה. בשעת הוצאת ספרי התורה לאמירת "כל נדרי" ביקש פעם אחת מאחד מתלמידיו לקנות את המצווה של הוצאת הספרים בכל ממון שהוא, כי צריך היה לכך לתיקון נשמתו.

להדליק נר לכבוד הארי''זל הקדוש הלילה