זה לא היה סוד שרבים מהעבריינים הכבדים ביותר בישראל  (כמו יצחק אברג'ל, שלום דומרני, יוסי הררי ואחרים )נהגו במהלך השנים לפקוד את חצרו של הרב פינטו.

מקורביו של הרב פינטו הסבירו כי הסיבה לחיבור עם ארגוני הפשיעה וראשי הארגונים נעוצה בכך כי הרב פינטו מאמין כי בעזרתו, ניתן להוציא אותם לדרך הישר, ובדרכי שלום. 

הקלטות הסמויות חושפות את עומק הקשר בין הרב פינטו ליצחק אברג'ל וטיבו -

בעקבות סכסוך הדמים בין דומרני ליגאל זאנו שכלל ניסיונת להזמנת רצח, ניסה יצחק אברג'יל ( שהיה באותה התקופה חברו של דומרני), ליישב את הסכסוך ביניהם והוא הציע  פגישת סולחה בין השניים בחצרו של הרב.

 ש  - (מאנשיו של אברג'ל - "לא רציתי לתת לו להינעל, אתה מבין? כי הוא בא לרצות אותך. ומה תגיד לו יעני? מה, הרב יותר טוב מיצחק?"

אברג'ל - "לא, הרב בטח שיותר טוב. אבל אני רוצה להתערב עוד פעם. להגיד לז'אנו 'תשמע טוב, אני חסיד של הרב ומקווה שאין מחשבות זדוניות מעבר לזה'".

ש': "אני עוד מעט אפגוש את ז'אנו.  אני אגיד לו 'תשמע, אברג'יל בכל זאת רוצה להיות בתמונה, הוא רוצה לדבר איתו, אתה מבין? לראות שהכול בסדר מבחינתך, שאין כעסים".

אברג'יל: "שזה יהיה טהור".

ש': "הטלפון שלך הרבה יותר טוב".

אברג'יל - "תגיד לו שאני רואה אותו אחראי על כל אלה. שזה נסגר, בלי משחקים, בלי נעליים".

בעדותו במסגרת עסקת עד המדינה, הסביר ש' את השיחה ואמר לחוקריו כי למרות הסולחה בין דומרני לז'אנו בחצרו של פינטו, אברג'יל רצה להיות מעורב מא' ועד ת'. כעבור שנה בלבד, בספטמבר 2004, ולמרות הסולחה שמקורבים מגדירים אותה "סולחה ברוח טובה", חוסל ז'אנו כשמטען מתחת לרכבו לא הותיר לו סיכוי.

אברג'יל, שלאורך השנים נתן את אמונו ברב, טען כי הרב מרחיק את רעייתו, ליאת ממנו. בשיחה עם אחד מאנשיו, מריקו, הוא שטח בפניו את הכעס כלפי הרב.

אברג'ל - "הוא גרם לבלבול לאנשים שאני מאוד אוהב. וואלה, מה אני אגיד לך, לא שהוא טועה, הוא בטוח צודק, ואני בטוח צודק, אבל אה, שאלוהים יסלח לי. הוא מבלבל. אתה מרחיק ממני את אשתי? אבל, בסופו של דבר, היא מתרחקת. אבל אני אוהב אותה. היא אימא של הילדים שלי".

מריקו: "זה בעיה".

אברג'יל: "הבנת? אז את מי אני אאשים עכשיו? אותה? אני בלב מאשים אותה. אבל אני ממילא פגוע. למרות שהרב לא אשם, אבל הוא אומר לה, 'תיסע מהארץ'".

"הוא אומר לי 'אני מצווה עליך' לעזוב את ישראל. אמרתי לו: 'אני לא יכול כבוד הרב. אתה מבין? יש מצבים שהייתי מוכן למות. בקיצור, מה אני אעשה? מוכן למות ולא רוצה לעזוב.

מריקו, מילדות אתה מכיר אותי וכל העיר מכירים אותי, יש מצבים שאני לקחתי את המוות בחשבון. יש מצבים שאתה מגיע לסוף הדרך, ואתה רואה שזהו, צריך למות, מה לעשות".

הוא נכנס איתך לפרטים, כמה מרוויח? כמה זה? כמה זה? הוא משחק לך אותה כאילו לכיוון אחר, אבל בזמן שהוא רואה אותך, הוא רואה דברים אחרים.

מריקו, הרב רואה הכול. חבל לך על הזמן. אני אומר לך. אתה בא, מדבר איתו, למה הוא משחק אותה לא רואה, הוא נכנס איתך לפרטים, כמה מרוויח? כמה זה? כמה זה? הוא משחק לך אותה כאילו לכיוון אחר, אבל בזמן שהוא רואה אותך, הוא רואה דברים אחרים".

מריקו: "גם לי הוא אומר כל הזמן. כמה אתה מרוויח? כמה יש לך? מי חייב לך? אני לא רואה את זה בקטע שהוא נכנס לאוזן, אבל הוא מתחיל את השיחה בזה".

אברג'יל: "עכשיו אתה מבין? אני הבנתי, מה אמרתי? מה אני אלך אליו?".

מריקו: "מה, מאותו זמן לא דיברת איתו בכלל?".

אברג'יל: "לא, לפני שנסעתי לחוץ לארץ, באתי אליו יום אחד. דיברתי איתו על החבר. אני לא מאמין שאני יכול לספר לרב מה הבעיה שלי עם חבר שלי. תראה, זה אישי שאני אספר, הבנת? עם כל הכבוד לכולם. לא מרגיש נוח עם זה. אני יש לי בעיה עם אשתי, אני אבוא אדבר עם הרב, על הכיפאק. אם הבעיה כלכלית, אני לא יכול. לא יכול".

בשיחה אחרת שנקלטת במשטרה ב-2011, משוחחת רעייתו של אברג'יל, ליאת, על סגולותיו של פינטו. ליאת אברג'יל מספרת על רצונה ללכת לאחת מהילוליו של פינטו בחו"ל, כדי לשפר את מצב רוחה לאחר תקופה ארוכה בה לא היא ואברג'יל לא התראו.

ליאת אברג'יל: "אני מתגעגעת אליך".

יצחק אברג'יל: "בסדר נשמה שלי, אין מה לעשות. אם נתחיל לשבור אחד את השני במצבי רוח".

ליאת אברג'יל: "נכון, אתה צודק".

יצחק אברג'יל: "אנחנו נהיה כמו סחבות".

ליאת: "לא, יהיה בסדר, בעזרת השם. זהו, אתה שומע? עוד איזה שבועיים יש את הנסיעה הזו עם הרב פינטו, יום אחד".

יצחק: "נו".

ליאת: "חשבתי ששם לא הייתי, אולי בעזרת השם, יבוא הישועה שם".

אברג'יל : "ליאת, את יודעת, דברים כאלה, מה זה שייך ישועה לשם? אם את רוצה ללכת לשם תלכי, ישועות תתפללי לקדוש ברוך הוא".

ליאת: "אני מתפללת לקדוש ברוך הוא".

יצחק: "אז מי צריך? לא צריך לנסוע לפה ולפה. אם את רוצה לנסוע בשביל מצווה, על הכיפאק, משהו אחר".

ליאת: "בסדר".

הקשר עם יוסי הררי:

יוסי הררי, מי שנחשב בעבר לראש כנופיית פרדס כץ, נהג במשך שנים להתייעץ עם הרב פינטו כיצד יש לנהוג בשורה של עסקאות לגיטימיות.

כך, למשל, באחת העדויות של הררי בבית המשפט בנוגע לעסקאות שהוצעו לו בידי אחד ממאמיניו של הרב פינטו בארצות הברית, גילה הררי בשנה שעברה כי "הרב לא הסכים שאכנס שותף בעסקה, אני קיבלתי את זה באהבה, למרות שרציתי".

חיבורו של פינטו לארגונו של דומרני החלה בראשית שנות האלפיים. דומרני טס מפעם לפעם להילולות של פינטו בחו"ל, נהג לפקוד את חצרו ולהתייעץ עמו בענייני הלכה.

הקשר עם שלום דומרני:

"רבנו, אתה יודע שאתה האור של העיניים שלנו?", נשמע דומרני אומר לפינטו.

בשנת 2015, ביקש דומרני מפינטו עזרה להוצאת ויזה לארה"ב. בתמורה, כך לפי הערכות, דרש פינטו חלקים מן העסקים העתידיים שככל הנראה ביקש דומרני לקדם בארצות הברית. "20 אחוז מכל דבר, זה מה שביקשנו על עצמנו", נקלט הרב מבקש מדומרני. "יום שני אתם פה, מסדרים לכם את הדבר לעשר שנים. אנחנו אוהבים אתכם, אחי היקר. אהבה גדולה. ובבקשה צדיק, תדע, אתה בא לפה, להתחיל פה חיים חדשים. יש לכם, בעזרת השם, 20 סידורים מכל דבר, אחוז, אתם מבינים?".

דומרני: "הכול בסדר כבוד הרב".

הרב פינטו: "ואתם באים להתחיל חיים חדשים, אתם תתחילו פה לעבוד בנדל"ן. להתחיל חיים חדשים, שוכחים מהכול. כל דקה במדינה המזופתת הזאתי, זה גועל נפש".

דומרני: "בסדר גמור כבוד הרב".