במשרד להגנת הסביבה נוהלה בשלוש שנים האחרונות חקירה פלילית נגד בתי הזיקוק באשדוד ובעלי תפקידים בכירים בה, בגין עבירות על החוק ובמיוחד חריגות מהיתר הזרמת שפכים לים. לאחרונה החליטו במשרד למצות את ההליכים נגד החברה באמצעות הטלת עיצומים כספיים במקום הגשת כתב אישום פלילי כנגד נושאי משרה בכירים בה.

על פי חקירת המשרד, החברה הזרימה שפכים לים החורגים מאמות המידה שנקבעו לה. מדובר בשפכים כאלה פוגעים בשיווי המשקל האקולוגי של הים התיכון, עם סיכוי גבוה להרעלת דגים בסמוך למקום ההזרמה.

בנוסף, החברה לא טיפלה בתקלות כנדרש, ולא פעלה להפסקת הזרמת שפכים למתקן הטיפול הביולוגי שלה. החברה אף לא עמדה בדרישות הניטור להם נדרשה, לא ביצעה בדיקות מעבדה בתדירות הנדרשת, ואף לא החזיקה נהלי עבודה סדורים לניטור.

מחברת פז בתי זיקוק אשדוד נמסר: "המשרד הודיע לחברה על כוונתו ונציגנו הוזמנו להציג בפניו את טענותינו בטרם תתקבל הכרעה. אנו מאמינים כי לא בוצע החריגה מתנאי ההיתר וכי לא בוצעה כל עבירה, כפי שנציג בפני המשרד".