בחודש מאי 2025 חשף כספי כי אובחן בסרטן מתקדם עם גרורות בכל הגוף, והודיע על ביטול כל הופעותיו כדי להתמקד בטיפולים. “חליתי בסרטן מתקדם… עליי לבטל את כל הופעותיי במסגרת הלך הריפוי”, כתב אז לעוקביו. בשנים האחרונות התגורר בחו״ל, אך טופל בבית חולים בישראל.

בהודעת המשפחה נמסר: “בלב כואב ועצב עמוק אנו מודיעים על פטירתו של בעלי האהוב ואבינו היקר. האור בחיינו נכבה. אהבתו ויצירתו ימשיכו להיות חלק מאיתנו לעד”.

נשיא המדינה יצחק הרצוג ספד לו ואמר כי “מוקדם מדי נפרד מאיתנו מתי כספי, מגדולי היוצרים הישראליים בדורנו”, והוסיף כי יצירתו – הלחנים, העיבודים והמנגינות שעיצבו את המוזיקה הישראלית לאורך עשרות שנים – תמשיך ללוות את עולם התרבות לדורות. “מתי כספי איננו, אבל תרומתו לחיינו נוכחת כל כך”, חתם הנשיא.